Cena viết thuận tay trái. Anh là một fan hâm mộ của anime Nhật Bản và đã đề cập rằng phim hoạt hình bộ phim yêu thích của mình là Fist of the North Star. Anh cũng cho biết anh là một fan hâm mộ của loạt trò chơi video Command & Conquer và lưu ý rằng nó là trò chơi ưa thích của mình.Cena cũng là một fan hâm mộ của Boston Red Sox, Tampa Bay Rays, New England Patriots, Boston Celtics và Premier League câu lạc bộ Tottenham Hotspur. Cena thu thập những chiếc xe cơ bắp và đã có hơn 20, một số trong đó là độc nhất vô nhị.

Trong khi quảng bá bộ phim 2009 của mình, 12 Rounds, Cena đã tuyên bố đính hôn với bạn gái của mình là Elizabeth Huberdeau. Họ cưới nhau ngày 11 tháng 7 năm 2009. Ngày 10 tháng 5 năm 2012, Cena đã xin ly hôn vì vợ của Cena ghen với Eve Torres hay qua lại với Cena. John Cena đã là bạn trai của Nikki Bella (The Bella Twins), một Diva của WWE, nhưng kết thúc mối quan hệ vào tháng 4 năm 2018. Họ dự định kết hôn vào ngày 5 tháng 5 năm 2018.